Тайсё, 100 лет. После разрушения старой столицы, Токио, который был разрушен в Великой Катастрофе Тайсё. Время идет и новая столица, Окио, чудесным образом обосновывается вокруг священного вишневого дерева, называемого Сенбонзакура. Однако, после Катастрофы темные и злые паранормальные явления происходят все чаще и чаще и специальный взвод Сакуры Ками-Цуки встает на защиту мира в столице! Тем временем, одним весенним днем Мику пришла посмотреть на цветение сакуры вместе со всей своей семьей. При поиске своей старшей системы, она заблудилась и наткнулась на гигантское вишневое дерево. Вдруг Мику осознала, что на ней появилась военная одежда и на нее нападает трансгендерный нинздя! Затем ее спасают близнецы Рин и Лен, которые называют себя членами взвода Сакуры Ками-Цуки...