Спин-офф, разворачивающийся спустя один год после концовки Persona 4 в японском городе Ягакоро-сити. Старый друг и детектив, Токо Аой, просит Наото Сироганэ расследовать загадочные исчезновения двух учеников. В пару ей ставят Сосэя Курогами, детектива-андроида, который во всём отличается от героини, от характера, до методов, которые он использует. Но вскоре выясняется, что это и другое дело, находящееся у Токо, связаны между собой, так как одного из пяти судей убивают, а баллистическая экспертиза указывает на пистолет пропавшего полицейского. Наото и остальные должны выяснить личности других судей, чтобы защитить их и найти преступника, который хочет их убить.