Действие происходит через десять лет после событий Yu-Gi-Oh!, Yu-Gi-Oh! GX следует за новым поколением дуэлянтов, включая молодого парня по имени Джудай Юки, который посещает Дуэль Академию, где начинающие дуэлянты тренируются в области Дуэльных Монстров. Присоединитесь к Джудаю и его друзьям для приключений следующего поколения дуэлянтов!

Сюжет манги полностью отличается от аниме