Однажды, гуляя по городу, пятиклассник Натан Адамс замечает причудливый капсульный игрушечный автомат и решает купить игрушку. Но когда он открывает полученную капсулу, перед ним появляется призрачное существо по имени Виспер. Впечатленный тем, что Натан не убежал и не засыпал его вопросами, он решает подарить мальчику "Часы Йо-кай". Это устройство, которое позволяет владельцу видеть йо-кай, фантастических существ, каждый вид которых обладает различными магическими способностями и обычно невидим для человека. Часы также позволяют владельцу вызывать любого йо-кай, с которым он подружился, что дает ему возможность использовать способности существ.

Вместе Натан и Виспер встречаются со многими озорными йо-кай в городе, решают проблемы, которые они причиняют, и одновременно сближаются со многими из них.