После окончания Второй мировой войны в Японии было создано агентство, деятельность которого должна была быть направлена на борьбу с терроризмом и экстремизмом в Тихоокеанском регионе. Задача серьёзная, так что справились бы с ней только профессионалы. Кого Япония могла нанять в эту организацию? Разумеется, ниндзя!

Поначалу агентство действовало только на территории страны, но со временем зона ответственности разрослась до масштабов мира и ниндзя стали заниматься международными делами, а численность сотрудников достигла двадцати тысяч. Одним из них стал Кудо — семнадцатилетний старшеклассник-неудачник, готовый стать полноценным звеном в цепи защитников, ограждающих страну от атак заграничных преступников! Звучит впечатляюще, вот только Кудо пока только старшеклассник, так что устроился в агентство только на полставки и работу ему придётся совмещать с учёбой и другими скучными каждодневными проблемами.