Токио, 2049... Благодаря галапагосской реформе, принятой правительством, Россия, Китай, Америка и Япония теперь связаны системой гиперпетля. Эта глобализация превратила Токио в самый криминальный город в мире. Для борьбы с растущей преступностью нужны те, кто работает в тени с периода Сэнгоку... Они...Шиноби!