"Миссия Т" – это разведывательная операция, задача которой спасти мир от гибели! Главная героиня - Негоро Ботан, что с раннего детства тренировалась как ниндзя и стала лучшим разведчиком. Негоро объединяется с другим агентом и берет на себя миссию, которая определит судьбу мира. Целью является восстановление наследия гениального изобретателя Николы Теслы, "Осколки Теслы". Смогут ли они выполнить свою миссию, обогнав разведывательных агентов из других стран, нацелившихся на те же самые фрагменты?