Сын гениального мага, Ёити Такато, был полиматом ещё со времени старшей школы. Но, тем не менее, его школьные дни отличались чрезмерной скукой и его невозможностью быть открытым к общению. Когда ему довелось присоединиться к клубу, изучающему мистику, он встретил друзей, которым он смог открыть своё сердце. Но за поднимающимся занавесом скрывается ужасное убийство. «Дело ведёт юный детектив Такато» — спин-офф с возмездием Хадзимэ Киндаити из манги «Дело ведёт юный детектив Киндаити», где «адский кукловод» Ёити Такато должен расследовать это дело об убийстве, даже если он всё ещё в старшей школе.