Прошло сто лет со времён войны человечества и реплойдов, команда друзей находит в старых руинах реплойда, участвовавшего в той войне - Рокмэна Зеро, потерявшего свои воспоминания. С помощью своих новых друзей, Зеро отправляется в путешествие, чтобы восстановить свои потерянные воспоминания, по пути сражаясь с новыми врагами и встречая новых друзей.