Проиграв в очередном таймлайне, Хомура решилась на отчаянный шаг - и ей удалось забрать с собой в прошлое Мадоку. Теперь они вдвоем должны сделать то, что Хомуре доселе одной не удавалось - спасти остальных волшебниц, чтобы вместе вчетвером сразиться с Вальпургиевой ночью. Но маленькая досада - возвращаясь в прошлое, Хомура случайно захватила с собой и Кьюбея. Инкубатор знает, какой ведьмой может стать Мадока, и приложит все силы, чтобы разрушить план Хомуры наиболее простым способом - избавившись от взбунтовавшейся волшебницы.