История Persona 5 будет сконцентрирована на трудностях жизни в современном обществе, ограниченном правилами, самим же обществом и установленными. Сюжет разворачивается вокруг протагониста, переехавшего жить в Токио и поселившегося в кафе у знакомого своих родителей. Днём главный герой посещает школу и ведёт обычную жизнь, но спокойствие нарушает появление кота Морганы и случайное попадание в альтернативную реальность Дворца, после чего герой вместе со своими друзьями образовывает группу так называемых Призрачных Похитителей Сердец для исследования других Дворцов — мест, созданных силой эмоций человеческих сердец. Группа отправляется на похищение и искоренение злых помыслов и желаний людей из их духовного мира, которые рискуют обернуться опасностью для жителей реального мира.