Главный герой — Танигазе Нагате, всю жизнь живший в глубинах огромного космического корабля «Сидония», по стечению обстоятельств попадает на внешние уровни, населенные людьми. Капитан корабля лично встречается с ним и предлагает стать пилотом-стражником. Как раз в этот момент к кораблю приближается таинственное существо — гауна. Какова же роль Нагате в предстоящей битве с гауной?