Действие "Призрак в доспехах: Синдром одиночки" происходит в 2030 году, в вымышленном японском городе Нью-Порт. Эта история рассказывает о членах секции общественной безопасности 9, специальной оперативной группы, состоящей из бывших военных офицеров и полицейских детективов. В манге представлены отдельные случаи, которые расследует Раздел 9, наряду с продолжающимся, более серьезным расследованием серийного убийцы и хакера, известного только как "Смеющийся человек".”