Кудо Шиничи - школьный детектив, который иногда сотрудничает с полицией в раскрытии дел. Во время одного из расследований на него нападают члены преступного синдиката, известного как \"Черная организация\". Они заставляют его проглотить экспериментальный яд, но вместо того, чтобы убить его, яд превращает его в ребенка. Приняв псевдоним Конана Эдогавы и держа в секрете свою настоящую личность, Кудо оказывается в агентстве профессионального детектива — Мори Когоро для того, чтобы разгадать секрет своего превращения и разоблачить зловещую организацию.