Действие происходит через 12 000 лет после событий манги «Акварион: Крылья небес». Человечество находится под угрозой нового врага из другого измерения, называемого «похитители», которые вторгаются в человеческие города и похищают женщин. Чтобы защититься от этого вторжения, человечество создаёт организацию Нео-ДИВА, где подростки учатся пилотировать гигантские машины, называемые Аквария. Однако, общение между представителями разных полов запрещено. Но правильно ли это?